Das damals noch existierende Kollegialstift "St.Peter" – ein Chorherrenstift, vermutlich des Augustinerordens –, erfüllte die Verwaltungsfunktionen des habsburgischen Amtes Embrach, des "Embracher Teils" der Grafschaft Kyburg.
Das Wappen der Gemeinde besteht aus zwei gekreuzten silbernen Schlüsseln auf rotem Grund und erinnert ebenfalls an das Chorherrenstift St. Peter.
Während des Sempacher- (1386) und des Alten Zürichkrieges (1444) werden Stift und Dorf durch eidgenössische Freischarenzüge zweimal gründlich eingeäschert. Auch die Kirche musste jedesmal neu aufgebaut werden. Nach der Aufhebung des Stifts im Zuge der Reformation von 1524 besorgte ein städtischer Amtmann die Verwaltungsaufgaben im Embracher Amt bis zum Ende des Ancien Régime. 1778 stürzte die ehemalige Stiftskirche, ein bescheidener gotischer Bau, in sich zusammen. Der Zürcher Baumeister David Vogel wurde mit dem Neubau der heutigen, frühklassizistischen Querovalkirche beauftragt, die bereits 1780 eingeweiht werden konnte.
In der Mediationszeit wurde das Amt Embrach aufgehoben. 1814 – 1831 jedoch wurde unser Dorf erneut Sitz des "Oberamtes Embrach", dann aber endgültig von Bülach aus der Rolle des Bezirkshauptortes gedrängt.
Natürlich war auch die wirtschaftliche Entwicklung Embrachs recht vielfältig. Neben dem bäuerlichen Dorfkern bestand wohl schon seit der Alemannenzeit ein Kranz von Aussenhöfen; am Wildbach klapperten die Ober-, die Illinger- und die Haumühle.
Mit dem Bau der Eisenbahn um 1876 begann der industrielle Aufschwung und das ursprüngliche Haufendorf wuchs langsam zu einem der längsten Strassendörfer des Kantons an. Das einheimische Hafner- und Töpfergewerbe – die lokalen Lehmvorkommen dürften schon in römischer Zeit bekannt gewesen sein – weitete sich zu einer bedeutenden Industrie aus.
Mehr davon auf der Homepage des historischen Vereins Embrachertal "Wir waren das Töpferdorf".
Bis zum 2. Weltkrieg entwickelte sich die Wohnbevölkerung nur bescheiden. Mit dem Erlass einer ersten Teilbauordnung im Jahre 1955 und mit der Annahme einer allgemein verbindlichen Bauordnung für das ganze Gemeindegebiet begann nach 1960 ein lebhafter Aufschwung, der bis zum heutigen Tag anhält.
Die rege Bautätigkeit in den vergangenen drei Jahrzehnten führte auch zu einem massiven Ausbau der Infrastruktur durch die öffentliche Hand, wie zum Beispiel Strassenbauten, Kanalisationen, Abwasserreinigungsanlage, Schulbauten, Gemeindehaus, Hallen- und Freibad sowie einer dreifachen Sporthalle.